Aygen Yayıkoğlu 1993 yılında Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi’nden mezun olmuş, ardından Johns Hopkins Üniversitesinde Uluslararası Ekonomi alanında master yapmıştır. İş hayatına EBRD’nin Londra ofisindeki enerji bölümünde başlamış, uzun yıllar enerji ve altyapı projelerinin finansmanı üzerinde çalışmıştır. Ardından Dünya Bankası IFC Grubunun bölgesel altyapı ekibinde üst düzey görev almıştır. Kariyerine kendi yatırım şirketini kurarak devam etmiş ve bölgenin ilk yenilenebilir enerji fonunu kurmuştur.